Jeżeli zamawiający ma pewność, że wykonawca zastosował niewłaściwą stawkę podatku VAT, wówczas zamawiający winien odrzucić ofertę. Jeżeli zamawiający ma wątpliwości co do prawidłowości zastosowanej przez wykonawcę stawki VAT, wówczas zamawiający ma prawo wyjaśnienia swoich wątpliwości (działając na podstawie art. 87 ust. 1 ustawy Prawo zamówień publicznych z dnia 29 stycznia 2004 r. (t.j. Dz. U. z 2019 r., poz. 1843 z późn. zm.)), dalej p.z.p., pamiętając, że treść wyjaśnień nie może prowadzić do negocjacji treści oferty.

Zgodnie art. 89 ust. 1 pkt 6 p.z.p. błąd w obliczeniu ceny jest podstawą do odrzuceniu oferty. Użycie niewłaściwej stawki podatki VAT jest uznawane za błąd w obliczeniu ceny.

Krajowa Izba Odwoławcza stoi na stanowisku, że również zastosowanie stawki podstawowej, gdy należało zastosować stawkę preferencyjną stanowi błąd w obliczaniu ceny. I tak, w orzeczeniu Krajowej Izby Odwoławczej czytamy „Izba nie podziela stanowiska zamawiającego, iż wykonawca zawsze ma prawo zastosować stawkę VAT 23%, zaś możliwość zastosowania stawki VAT 8% to uprawnienie, nie zaś obowiązek wykonawcy. Takie twierdzenie Zamawiającego nie znajduje potwierdzenia w przepisach ustawy o VAT. Ustawodawca w art. 41 ustawy wprowadza regulację dotyczącą stawek VAT. Obowiązkiem zaś podatnika jest przyporządkowanie sprzedaży towarów czy usług do określonej stawki VAT. Określając wysokość stawki VAT podatnik musi przede wszystkim ustalić, czy sprzedawany przez niego towar lub świadczona usługa nie korzystają z obniżonej stawki lub ze zwolnienia z VAT. (…). Nie sposób również zgodzić się ze stanowiskiem Zamawiającego, iż w omawianym stanie faktycznym Przystępujący zastosował stawkę VAT 23%, co tym samym powoduje, iż nie można mówić o błędzie w obliczeniu ceny. W cenie bowiem oferty Przystępującego mieści się bowiem podstawowa stawka podatkowa i jest ona nadal ofertą najkorzystniejszą. Podkreślić należy, za stanowiskiem Sądu Najwyższego, że posłużenie się przez wykonawcę choćby tylko jednym nieprawidłowo określonym elementem kalkulacji ceny przekłada się na wystąpienie błędu w obliczeniu ceny i to bez względu na skalę czy matematyczny wymiar stwierdzonego uchybienia. Nie ma zatem znaczenia przy ocenie błędnej stawki VAT w ofercie wykonawcy wpływ takiego błędu na ranking ofert. Co podkreśla Sąd Najwyższe, istotne dla dokonania oceny czy dochodzi do naruszenia zasad uczciwej konkurencji i równego traktowania wykonawców niezbędne jest stosowanie kryteriów zobiektywizowanych i nie jest możliwa każdorazowo ocena wpływu wadliwej stawki podatku na warunki konkurencji w postępowaniu o zamówienie publiczne. Tym samym, w ocenie Izby, brak jest przesłanek do przyjęcia za prawidłowe stanowiska Zamawiającego, iż zastosowanie stawki VAT 23% pomimo, iż winna być zastosowana stawka VAT 8%, nie może być postrzegane jako błąd w obliczeniu ceny, gdyż oferta Przystępującego jest ofertą najkorzystniejszą nawet z uwzględnieniem wyższej stawki podatkowej. Zastosowanie art. 89 ust. 1 pkt 6 ustawy Pzp wymaga zidentyfikowania błędu w obliczeniu ceny w ofercie wykonawcy. Taki błąd został zidentyfikowany i skutkować winien odrzuceniem oferty Przystępującego, niezależenie od jego skali czy matematycznego wymiaru (wyrok KIO z dnia 15 października 2019 r. sygn. akt KIO 1966/19).

Należy jednak zwrócić uwagę, że starsze orzeczenia Krajowej Izby Odwoławczej dopuszczały zastosowanie stawki podstawowej. W orzeczeniu Krajowej Izby Odwoławczej z dnia 31 marca 2014 r. sygn. akt KIO 489/14 czytamy „(…) w ratio legis art. 89 ust. 1 pkt 6 p.z.p nie mieści się odrzucenie oferty, w sytuacji przyjęcia podstawowej stawki podatku VAT, nawet jeśli zastosowanie mogłaby znaleźć stawka preferencyjna. Nieracjonalne byłoby przyjęcie, że oferta, w której cenie mieści się podstawowa stawka podatkowa, a która mimo tego jest najkorzystniejsza, podlega odrzuceniu na podstawie art. 89 ust. 1 pkt 6 P.z.p., a skutkiem tego zamówienie uzyskuje wykonawca, który złożył ofertę mniej korzystną. Pogląd przeciwny jest nie do pogodzenia z zasadami wyrażonymi w art. 44 ust. 3 pkt 1 lit. a ustawy o finansach publicznych (Dz. U. z 2013 r. poz. 885), zgodnie z którym wydatki publiczne powinny być dokonywane w sposób celowy i oszczędny, z zachowaniem zasady uzyskiwania najlepszych efektów z danych nakładów.